Conformément à l’ordonnance N° 2005-406 du 2 mai 2005 simplifiant le régime juridique des établissements de santé, le Centre Hospitalier Spécialisé Saint Ylie Jura est structuré en quatre pôles de Pychiatrie Adulte, deux pôles de Pédopsychiatrie et un pôle de Gérontopsychiatrie, répartis sur le département du Jura.

L’établissement dispose également de deux Services d’Accueil des Urgences Psychiatriques à Dole et Lons le Saunier.